Республиканская клиническая больница № 2 является государственным казённым учреждением здравоохранения, оказывающим первичную, в том числе доврачебную, врачебную и специализированную медико-санитарную помощь в амбулаторных условиях и специализированную медицинскую помощь в стационарных условиях прикрепленному контингенту. Учреждение является юридическим лицом, находящимся в ведомственном подчинении Министерства здравоохранения Республики Башкортостан и Управления делами Президента Республики Башкортостан.
ГКУЗ РБ Республиканская клиническая больница № 2 в своей структуре содержит: многопрофильную сеть амбулаторно-поликлинических подразделений на 600 посещений в смену; стационар, развернутый на 135 коек и оснащенную современным оборудованием лечебно-диагностическую службу. Амбулаторная помощь осуществляется по 23 специальностям, стационарная - по терапевтическому и неврологическому профилям.