В настоящее время Здравоохранение в Зилаирском районе представлено многофункциональной центральной районной больницей рассчитанной на 50 койки круглосуточного стационара и 39 коек дневного стационара.Плановая амбулаторно-поликлиническая помощь лечебного учреждения рассчитана на 157 посещений в смену, в составе поликлиники работают:
- Кабинет функциональной диагностики;
- УЗИ кабинет;
- Кабинет эндоскопии;
- Физиотерапевтическое отделение;
- Кабинет рентген-диагностики;
- Флюорографический кабинет;
- Женская консультация;
- Клинико-диагностическая лаборатория;
Так же первичная медико-санитарная помощь оказывается Кананикольской врачебной амбулаторией, Матраевской врачебной амбулаторией, Юлдыбаевской врачебной амбулаторией, Сабыровской врачебной амбулаторией, 27 ФАПами и 14 домовыми хозяйствами.
Экстренная медицинская помощь оказывается отделением скорой медицинской помощи.