На сегодняшний день в составе лечебного учреждения функционируют 12 клинических отделений на 510 коек (240 детских и 270 взрослых инфекционных коек) и 4 параклинических отделения (консультативно-диагностическое отделение, клинико-диагностическая лаборатория, физиотерапевтическое отделение, аптека). Клинические отделения делятся по профилям: детские и взрослые кишечные отделения, детские и взрослые диагностические отделения, отделение вирусных гепатитов, 2 отделения для капельных инфекций по 8 боксов каждый, отделение реанимации и интенсивной терапии.
В больнице работает 403 сотрудника, из них 67 врачей, 7 из которых удостоены звания «Заслуженный врач» Республики Башкортостан, «Отличник здравоохранения РБ» - 10 врачей и «Отличник здравоохранения РФ» - 4 врача. Работает 3 кандидата медицинских наук. Специалистов со средним медицинским образованием 180 человек.
Больница является учебной базой кафедры инфекционных болезней с курсом ИПО ГБОУ ВПО Башкирского государственного медицинского университета Министерства здравоохранения Российской Федерации (заведующий кафедрой доктор медицинских наук, профессор Валишин Дамир Асхатович).
ГБУЗ Республиканская клиническая инфекционная больница, являясь Республиканским центром инфекционной патологии, оказывает специализированную медицинскую помощь жителям г. Уфы и республики с различными инфекционными заболеваниями, осуществляет выполнение государственного задания по обеспечению медицинской помощи в рамках Территориальной программы государственных гарантий оказания бесплатной медицинской помощи гражданам РФ, а так же участвует в реализации федеральных мероприятий приоритетного национального проекта.
Оснащение клинико-диагностической лаборатории позволяет производить диагностику инфекционных и соматических заболеваний в полном объеме. Оборудования отделения реанимации и интенсивной терапии достаточно для оказания интенсивной специализированной медицинской помощи инфекционным больным в полном объеме.
Ежегодно специалисты больницы оказывают экстренную и плановую специализированную медицинскую помощь более чем 20000 больным, 85% которых получают необходимые виды медицинской помощи в стационарных условиях.
ГБУЗ Республиканская клиническая инфекционная больница является базой развертывания госпиталя в случае угрозы возникновения особо опасных инфекций.
В настоящее время больница имеет лицензию на 59 заявленных видов медицинской деятельности и соответствующие сертификаты, в том числе на высокотехнологичную медицинскую помощь в стационарных условиях по педиатрии.
Пациенты больницы получают квалифицированную медицинскую помощь, гарантией которой являются высокая квалификация врачей и медсестер, умноженная на современные методы диагностики и лечения инфекционных заболеваний с использованием передовой медицинской техники и исследовательских средств и методик.